Creado por dictamen del Consejo General Universitario, emitido el 27 de marzo de 2003, en donde establece dos sedes para su operación: la ciudad de San Juan de los Lagos y la ciudad de Lagos de Moreno, Jalisco, ambas situadas en la región conocida como Altos Norte, Jalisco.El Centro Universitario se conforma por dos divisiones: Estudios de la Cultura Regional, Estudios de la Biodiversidad e Innovación Tecnológica y cuatro departamentos: Humanidades, Artes y Culturas Extranjeras, Ciencias Sociales y del Desarrollo Económico, Ciencias Exactas y Tecnología, Ciencias de la Tierra y de la Vida.

Tiene como misión atender la demanda de servicios educativos de los siguientes 8 municipios de Jalisco: Encarnación de Díaz, Lagos de Moreno, Ojuelos de Jalisco, San Diego de Alejandría, San Juan de los Lagos, Teocaltiche, Unión de San Antonio y Villa Hidalgo.

Este centro universitario cuenta 10 programas educativos, 8 de licenciatura, 1 de maestría y 1 doctorado. La población escolar asciende a 1,973 alumnos. El personal académico que atiende esta matrícula es de 193, de los cuales 67 son profesores de tiempo completo.

La plantilla de académicos dedicados a la investigación es de 40profesores-investigadores, 33 de éstos pertenecen al SNI.

Como apoyo a las actividades académicas, el Centro Universitario posee dos bibliotecas, con 24,835 títulos (42,011 volúmenes), y cuenta con 441 equipos de cómputo para servicio  académico.